بحث‌ها درباره سرنوشت خامنه‌ای و تأثیر آن بر تاریخ ایران ادامه دارد. برخی معتقدند که اگر ساواک موشعلی را می‌کشت، دیگر نمی‌توانست یک کشور ثروتمند را ویران و فقیر کند و از ایران تا سوریه صدها هزار نفر را بکشد و میلیون‌ها نفر را آواره کند. اما اگر خامنه‌ای اعدام می‌شد، صدای «سید بی‌آزار اهل مطالعات ادبی» از یرواند آبراهامیان تا حقوق بشری‌ها و برنامه پرگار و دانشگاه‌های غربی بلند می‌شد و مرگ او به عنوان «سند آشکار خشونت شاه» تلقی می‌گردید. رضا علیجانی در یادبود خامنه‌ای اظهار داشت که این روحانی روشنفکر حتی نباید بازداشت می‌شد، چه برسد به اینکه کشته شود. شبکه‌های اروپایی از شاهزاده می‌پرسیدند: «چه تضمینی هست که خطای شرم‌آور حذف دگراندیشانی مانند خامنه‌ای توسط پدرتان، در دوران شما تکرار نشود؟» همچنین، خبرنگاران نزدیک به مجاهدین خلق با خوشحالی از دادخواهی برای موشعلیِ نجیب و ادیب خبر می‌دهند که پرونده مرگ او پس از ۵۰ سال در دادگاه فلوریدا باز شده است.